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儿童良性癫痫与遗传因素有很大的关系，由染色体异常或基因变异导致。 另外头部外伤损伤大脑功能也可以导致良性癫痫、大脑感染，可影响植物神经功能，也会导致癫痫新生儿出生过程中缺氧、颅内出血、呼吸抑制等都有可能会导致儿童良性癫痫。有癫痫家族史，先天脑发育畸形的发病率更高。