头痛型癫痫病一般认为与丘脑下部有关，丘脑下部是皮质下高级自主神经中枢，与大脑皮质各区、脑干的网状结构、脊髓的自主神经中枢都有密切联系，当下丘脑受各种有害因素影响后可形成异常放电病灶，产生自主神经系统紊乱的各种症状，异常放电传播到颅内致痛结构的神经元时即产生头痛。当异常放电受到抑制性神经细胞和皮质外抑制结构的作用时发作停止，头痛也消失。